基因组所三代单分子测序PacBio完成手艺升级—超长读长助力基因组学研究
克日 ，基因组所所级中心基因组平台三代单分子实时测序PacBio完成手艺升级优化 ，实现了数据产量和读长的双重提升 ，一个SMRT Cell芯片可产出高达1Gb数据 ， reads平均长度抵达14kb ，N50凌驾19kb ，为基因组学相关研究提供了有力支持。
PacBio 测序read和subread长度漫衍
使用三代单分子实时测序仪PacBio系统 ，平台提供的手艺支持效劳包括：
1.基因组de novo测序组装
PacBio测序read超长的特点 ，适合于基因组de novo组装。例如一个5Mb巨细的细菌基因组 ，只需一个SMRT Cell测序即可完成基因组finish ，周期小于5天。关于重大基因组,预期Contig N50凌驾100kb ，推荐de novo组装需50ⅹ以上的PacBio测序笼罩 ，二代测序数据和PacBio测序数据混淆组装 ，推荐30ⅹ以上的PacBio测序笼罩 ，如用于基因组scaffold构建 ，推荐10ⅹ以上的PacBio测序笼罩。
2.全长转录本测序
受古板测序手艺短读长的限制 ，较难获得全长转录本序列。在PacBio测序平台上 ，我们开发了全长cDNA测序和剖析手艺流程。PacBio测序爆发的read长度远大于绝大部分cDNA长度 ，因此无需经事后续序列拼接组装 ，即可获得准确全长cDNA序列 ，剖析基因转录后可变剪切信息以及LncRNA表达等。
3.碱基修饰检测
PacBio测序另一个优势是可获得DNA聚合酶促反应的分子动力学数据 ，剖析碱基修饰信息。由于碱基基团修饰后的位阻作用 ，DNA聚合酶在带有修饰碱基的核苷酸位置前后 ，体现出延滞效应 ，经盘算剖析获得IPD ratio差别,差别修饰的IPD ratio值差别 ，从而获取碱基修饰信息。现在测序较量准确的修饰类型是m6A,另外5mC、5hmC、4mC等修饰信息也可获得 ，但需要特殊的样品处置惩罚或数据处置惩罚。
别的 ，基于PacBio系统 ，平台还提供基因组BAC克隆混淆测序、长扩增子测序、极端GC含量DNA测序等手艺开发效劳。
