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国家生物信息中心相助构建免疫朽迈多组学数据库

随着全球生齿老龄化趋势的加剧 ,晚年生齿的康健问题日益受到关注 。在这一配景下 ,免疫朽迈(Immunosenescence)作为影响晚年人康健的要害因素之一 ,逐渐成为研究的焦点 。免疫衰总是指随着年岁增添 ,免疫系统功效逐渐减退的征象 ,包括新免疫细胞的天生镌汰、现有免疫细胞的功效改变以及慢性低度炎症状态的一连保存 ,通常被称为“炎症老化” 。免疫朽迈与熏染性疾病的易感性增添和慢性年岁相关疾病的发病危害上升亲近相关 。

为了深入明确这一重大历程并寻找延缓朽迈的战略 ,11月30日 ,国家生物信息中心张维绮团队、鲍一明团队和ibet动物研究所刘光慧研究组、曲静研究组相助 ,建设了免疫朽迈领域首个多组学数据库Immunosenescence Inventory ,旨在为整合和剖析与免疫朽迈相关数据提供一体化平台 。该研究以“Immunosenescence Inventory—a multi-omics database for immune aging research”为题在Nucleic Acids Research?期刊揭晓 。

该数据库网络和整合了来自人类和其他动物物种的免疫朽迈相关数据集 ,笼罩了普遍的免疫朽迈的细胞特征、分子标记物以及随年岁纵向转变的多组学信息 ,包括单细胞转录组学、转录组学、表观基因组学以及T细胞受体和B细胞受体的免疫组库数据(图1) ,为明确免疫朽迈的细胞分子转变提供了主要数据资源 。

该数据库由知识图谱、多组学数据集和工具三大焦点 ?樽槌 。知识图谱 ?楣菇艘桓鍪种锻计 ,详细纪录了免疫细胞类型、分子标记物、与免疫相关的基因注释、免疫细胞随年岁动态转变的特征、与朽迈相关的细胞因子转变以及免疫朽迈的生物标记物和干预战略 。多模态数据集 ?檎故玖瞬畋鹞镏置庖咝嗦醯亩辔檠ё 。其中 ,单细胞转录组学 ?橥缌死醋4个物种、13种组织中59种免疫细胞的基因表达转变(图2) 。工具 ?樵蛱峁┝嗽谙吖ぞ ,以辅助开展免疫细胞识别和免疫时钟盘算 。

综上 ,Immunosenescence Inventory对免疫朽迈知识与数据举行了专业的整合 ,并将一连更新和开放 ,为未来免疫朽迈机制研究和新型干预战略开发提供有力支持 。

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单细胞转录组学 ?

国家生物信息中心张维绮研究员、鲍一明研究员、ibet动物研究所刘光慧研究员、曲静研究员为本文的配合通讯作者 。国家生物信息中心李豪博士、赵薇博士、杨飞工程师、乔琴助理研究员、ibet动物研究所/北京干细胞与再生医学研究院马帅“致一”研究员、国家生物信息中心硕士结业生杨宽、宋述慧研究员为本文的配合第一作者 。首都医科大学宣武医院王思研究员为本文提供了指导 。该研究获得国家自然科学基金委、国家科技部、ibet和北京市等项目的资助 。

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